Usando o linux (Ubuntu, no meu caso), sempre tenho que gerar pacotes de arquivos com atualizações das mais diversas, para enviar a clientes. Como usamos o SVN para gerenciamento de versões, repositórios e afins, sempre gerava os pacotes (zip ou rar) com um monte de arquivos do cliente SVN usados internamente por ele para gerenciar as versões dos arquivos. Com isso, o .zip sempre ficava bem maior do que eu queria.

Então, pesquisei e vi que, para apagar arquivos com uma determinada extensão de uma pasta e sub-pastas, é só ir no console e digitar:

find sua_pasta -iname ".extensao" -exec rm -fr {} ;

Por exemplo:

find /home/user/dev/cliente1 -iname ".svn" -exec rm -fr {} ;

Veja mais sobre como apagar pastas no Linux.