Uma das discussões mais recorrentes nos blogs que tratam de programação para web, quando se trata de interface (ou front-end, ou resumindo (x)html+css+javascript) é qual biblioteca javascript é melhor.
Muitas vezes as discussões acabam descambando; parece que pessoas levam para o lado pessoal, ao invés de ver a parte técnica da coisa. E quando se fala de jQuery e Prototype, as coisas ficam mais afloradas ainda.

Aqui no O Desenvolvedor, vocês leitores podem perceber que eu tenho uma predileção pela Prototype (e comecei usando-a 3 anos atrás, quando a jQuery era muito menos poderosa do que é hoje) enquanto o Guilherme tem usado mais a jQuery.

E isso é ótimo: a troca de informações e experiências entre os usuários faz bem, pois vamos elevando nossos conhecimentos.

Me enviaram ontem essa apresentação comparando as duas. Sem fanatismo, sem puxar a sardinha para uma ou para outra. Apenas um comparativo, mostrando quais os beneficios de cada uma. Enjoy!

http://static.slideshare.net/swf/player.swf?doc=prototype-jquery-going-from-one-to-the-other-1193346036472971-5&totalSlides=25&startSlide=1&preview=no&useHttp=1

E se quiserem, dêem a sua contribuição falando qual biblioteca javascript voce utiliza.